Este important ca recoltarea sa se faca inainte de inceperea unui tratament antibiotic. Pentru controlul eficientei tratamentului antibiotic proba se recolteaza dupa 5 zile de la ultima doza de antibiotic administrata.
Materiile fecale se recolteaza in recipiente speciale (coprorecoltoare, recipient cu gel) care contin un mediu de transport (Cary-Blair).
Recoltarea se face din proba emisa spontan.
Se alege o portiune reprezentativa (cu mucozitati, striuri de sange, consistenta mai moale etc.) si se ia o cantitate cat incape in lingurita coprorecoltorului.
Materiile fecale astfel recoltate se introduc in mediul de transport continut de coprorecoltor si se amesteca cu acesta pentru a se asigura viabilitatea microbilor pana la prelucrarea probei.
Daca nu se poate asigura transportul imediat catre laborator, proba se pastreaza la temperatura camerei.